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Fraunhofer-Institut für Biomedizinische Technik IBMT

Logo des Fraunhofe IBMT

Das Fraunhofer-Institut für Biomedizinische Technik IBMT ist eines der sechs Institute des Verbundes Life Sciences der Fraunhofer-Gesellschaft, Deutschlands größter Einrichtung für angewandter Forschung und Entwicklung.

Das IBMT ist ein international anerkannter F&E-Partner zur Entwicklung innovativer IT-Lösungen für eHealth-Anwendungen, persönliche Gesundheitssysteme und Telemedizin als auch von Forschungsinfrastrukturen zur biomedizinischen Datenintegration, für Biobanking und die klinische Krebsforschung. Die Arbeitsgruppe Gesundheitsinformationssysteme trägt zentrale IT-Komponenten und Tools zu zahlreichen, EU-geförderten Projekten bei, wie zur personalisierten Medizin (p-medicine), zur Sekundärnutzung klinischer Daten für die Forschung (eureca), zum Management und Selbstmanagement chronischer Erkrankungen (d-LIVER, iManageCancer), zur semantischen medizinischen Informationsextraktion (CHRONIOUS) und zur Langzeitarchivierung von Gesundheitsdaten (ENSURE).

Das IBMT koordiniert dieses Vorhaben und trägt maßgeblich zur Entwicklung der XplOit-Plattform bei.

http://www.ibmt.fraunhofer.de/

Ansprechpartner:
Dr. Gabriele Weiler, gabriele.weiler@ibmt.fraunhofer.de

 

Universitätsklinikum des Saarlandes

Logo des Universitätsklinikum des Saarlandes

Klinik für Pädiatrische Onkologie und Hämatologie

Der Fokus bei der Forschung an der Klinik für Pädiatrische Onkologie und Hämatologie liegt in der Durchführung von prospektiven klinischen Studien, der Leitung der SIOP-RTSG (International Society of Paediatric Oncology Renal Tumor Study Group) und dem Verbinden der Medizin mit Informationstechnologie. Die Klinik koordinierte das integrierte EU-FP7 Projekt p-medicine, nimmt an mehreren laufenden EU-finanzierten IT-Gesundheitsforschungsprojekten (CHIC, iManageCancer) teil und hat bereits zahlreiche interdisziplinäre Projekte (EURECA, ACGT, ContraCancrum, CONTRACT, TUMOR, MyHealthAvatar) erfolgreich abgeschlossen. Zusammen mit Partnern hat die Klinik die ontologiebasierte Anwendung ObTiMA zum Management klinischer Studien entwickelt. Die Klinik trägt Softwarekomponenten zur Pseudonymisierung und zur Modelling Workbench bei und leitet das Arbeitspaket Verbreitung und Verwertungsarbeit (AP9).

http://www.uniklinikum-saarland.de/de/einrichtungen/kliniken_institute/kinder_und_jugendmedizin/klinik_fuer_paediatrische_onkologie_und_haematologie/

Ansprechpartner:
Prof. Dr. med. Norbert Graf,  norbert.graf@uniklinikum-saarland.de

Institut für Virologie

Das Institut für Virologie ist zentrale Diagnostikeinheit und Beratungszentrum des Universitätsklinikums des Saarlandes und in der Region für Viruserkrankungen. Dabei werden alle technologischen Verfahren auf dem aktuellen Stand von Wissenschaft und Technik insbesondere bei erwachsenen als auch pädiatrischen Patienten mit Transplantationen eingesetzt. Das Institut für Virologie betreibt klinische, translationale und Grundlagenforschung für virale Erkrankungen an der Universität des Saarlandes. Schwerpunkte sind dabei persistierende Virusinfektionen (wie Papillom-, Polyoma- und Herpesviren) und deren Interaktion mit dem Immunsystem bei transplantierten Patienten und in der Krebsentwicklung. Das Institut wird virologische Daten für die Modellentwicklung bereitstellen, die Modellentwicklung beratend begleiten und die klinische Validation anleiten.

http://www.uniklinikum-saarland.de/de/einrichtungen/kliniken_institute/infektionsmedizin/virologie/

Ansprechpartner:
Prof. Dr. med. Sigrun Smola,  sigrun.smola@uniklinikum-saarland.de
Dr. med Jürgen Rissland, juergen.rissland@uniklinikum-saarland.de

Innere Medizin I (Hämatologie und Onkologie)

Die Klinik für Innere Medizin I (Hämatologie und Onkologie) behandelt jährlich rd. 2500 stationäre und etwa 8000 ambulante Patienten in ihrem speziellen Versorgungsbereich. Jeweils 40 autologe und allogene Stammzeltransplantationen werden jedes Jahr auf der speziellen Mildred-Scheel-Station durchgeführt. Viele Patienten nehmen an klinischen oder industrieunterstützten Phase III-Studien teil. Die deutsche Studiengruppe für hochgradige Non-Hodkin-Lymphome leitet internationale Phase III-Studien und wird vom Direktor der Klinik für Innere Medizin I koordiniert. Die Finanzierung erfolgt unter anderem durch die Deutsche Krebshilfe und die Jose Carreras-Stiftung. Die Klinik wird immunologische, pathologische und klinische Informationen von Stammzelltransplantierten zur Verfügung stellen, die Modell-Entwicklung beratend begleiten und den klinische Validationsprozess unterstützen.

http://www.uniklinikum-saarland.de/de/einrichtungen/kliniken_institute/medizinische_kliniken/innere_medizin_i/

Ansprechpartner:
Dr. med Jörg Thomas Bittenbring, Joerg.Thomas.Bittenbring@uniklinikum-saarland.de

Universität des Saarlandes

Logo der Universität des Saarlandes

Institute for Formal Ontology and Medical Information Science (IFOMIS)

IFOMIS wurde im April 2002 mit dem Ziel gegründet, formale Ontologien zu entwickeln, die in der medizinischen und biomedizinischen Informationswissenschaft angewendet und getestet werden und so konstruiert sind, dass sie als theoretischer Rahmen dienen können, um semantische Interoperabilität und Datenintegration zu unterstützen. IFOMIS beschäftigt sich hauptsächlich mit Fragen der Datensemantik, insbesondere mit Methoden, um Daten und damit verknüpfte Metadaten zu beschreiben, zu harmonisieren und zu standardisieren. IFOMIS begleitet den gesamten Datenverarbeitungsprozess von der Datensammlung und -aufbereitung, der Datensuche bis hin zu Datenabfragen und stellt dabei formale Methoden zur semantischen Datenintegration für Daten aus heterogenen Quellen zur Verfügung. IFOMIS war Partner im EU-FP6 Network of Excellence „Data Mining and Semantic Interoperability“, im EU-FP6 Projekt „Advancing Clinico-Genomic Trials on Cancer“, im EU-CIP Projekt epSOS und im EU-FP7 Projekt „CHRONIOUS“. Im EU-FP7 Projekt “p-medicine” leitete IFOMIS das Arbeitspaket Standardisation, Semantic Interoperability and Data Integration. In XplOit ist IFOMIS für die Entwicklung des Semantischen Integrationsframeworks verantwortlich.

http://www.uni-saarland.de/institut/ifomis

Ansprechpartner:
Ulf Schwarz, ulf.schwarz@ifomis.uni-saarland.de

Klinische Pharmazie

Die Arbeitsgruppe Klinische Pharmazie wurde im Oktober 2012 neu an der Universität des Saarlandes etabliert. Die Individualisierung der Pharmakotherapie unter Verwendung von Modellierungs- und Simulationstechniken (M&S) und Pharmakogenomischen (PGx) Ansätzen als auch die Entwicklung neuer methodischer Ansätze für gemeinsame M&S/PGx Analysen stehen im Fokus der jungen Arbeitsgruppe. Die Methoden werden hauptsächlich im Bereich Infektionskrankheiten, kardiometabolische Erkrankungen, Onkologie und neurodegenerative Erkrankungen angewendet. Die Arbeitsgruppe leitet die Modellierungsentwicklung (AP7) in XplOit.

http://www.uni-saarland.de/lehrstuhl/pharm-lehr/forschung.html

Ansprechpartner:
Prof. Thorsten Lehr, thorsten.lehr@mx.uni-saarland.de

Max-Planck-Institut für Informatik

Logo Max Planck Institut Informatik

Seit mehr als einem Jahrzehnt arbeitet die Abteilung für Bioinformatik und angewandte Algorithmik des  Max-Planck-Instituts für Informatik an verschiedenen Fragestellungen im Bereich der Assoziation von Krankheitsstatus, Prognose und Therapieoptimierung für molekulare Messungen von Patienten und Patientenhistorie. Hier wurden Tools wie geno2pheno entwickelt, ein Service, der frei im Internet verfügbar ist und verschiedene Modelle zur Analyse von viraler Resistenz gegen antivirale Medikamente bereitstellt (HIV, HBV, HCV). Der Server wird stark genutzt und wurde sogar in die Therapierichtlinien für HIV Patienten in Europa integriert. Ein Perspektivenartikel (Bock and Lengauer, Nature Reviews Cancer 12, 494-501) beschreibt, wie das virale Szenario als Modell für zukünftige Entwicklungen für andere Krankheiten dienen könnte. Die Arbeiten zu HIV dienen hier als Speerspitze der personalisierten Medizin. Eine große genetische Variabilität auf der Patientenseite steht einer Vielzahl verschiedener Therapieoptionen gegenüber (mehrere Hundert).

Im Rahmen von XplOit werden am Max-Planck-Institut für Informatik statistische und Machine-Learning-Modelle angepasst und erweitert, um die heterogenen klinischen Daten im Bereich der Transplantationsmedizin mit den verschiedenen Endpunkten zu assoziieren und geeignete Vorhersagen zu liefern.

https://www.mpi-inf.mpg.de

Ansprechpartner:
Dr. Nico Pfeifer, nico.pfeifer@mpi-inf.mpg.de

Uniklinikum Essen

Klinik für Knochenmarktransplantation

Logo des Universitätsklinikums Essen

Die Klinik für Knochenmarktransplantation des Westdeutschen Tumorzentrums am Universitätsklinikum Essen ist die größte nationale und Europäische Schwerpunkteinrichtung für die allogene HSZT. Die Klinik kooperiert im Rahmen des Deutschen Konsortiums für Translationale Krebsforschung (DKTK) der durch  das Bundesministerium für Bildung und Forschung und die Deutsche Krebshilfe geförderten nationalen onkologischen Spitzenzentren sowie in zahlreichen anderen nationalen und internationalen Forschungsverbünden. Der Leiter der Klinik ist Vorsitzender des Deutschen Registers für Stammzelltransplantationen (DRST e. V.), das die klinischen Daten sämtlicher nationaler Einrichtungen sammelt und analysiert, die in Deutschland HSZT durchführen. Es besteht ferner eine langjährige enge klinische und wissenschaftliche Kooperation mit dem Institut für Virologie des Universitätsklinikums Essen. Die Klinik verfügt über eine sehr umfassende Datenbank mit relevanten klinischen Daten von HSZT-Patienten, die in Verbindung mit den virologischen Daten dem XplOit Forschungsvorhaben  zur Verfügung gestellt werden.

https://www.uk-essen.de/kmt/

Ansprechpartner:
Dr. med. Amin Turki, amin.turki@uk-essen.de

Institut für Virologie

Am Institut für Virologie werden grundlegende Mechanismen der viralen Immunität in neun wissenschaftlichen Arbeitsgruppen erforscht und ferner, wie chronische Viren, z. B. Herpes-, Hepatitis- und Retroviren, das Immunsystem täuschen und damit Immunreaktionen umgehen. Das Ziel dieser Forschung ist es, grundlegende Erkenntnisse über das Wechselspiel zwischen Viren und Zellen des Immunsystems zu erlangen und dieses Wissen anschließend für die Entwicklung neuer immuntherapeutischer Strategien und Impfungen einzusetzen. Die Arbeitsgruppen sind innerhalb der durch die Deutsche Forschungsgemeinschaft geförderten Sonderforschungsprojekts Transregio 60 und im Graduiertenkollegs 1949 angesiedelt.

https://www.uni-due.de/virologie/

Averbis

Logo von averbis

Averbis bietet Lösungen zur effektiven Durchsuchbarkeit, zur inhaltlichen Strukturierung und zur Auswertung komplexer Informationsbestände. Wir analysieren unstrukturierte und strukturierte Daten, z.B. Gesundheitsinformationen, Social-Media-Daten, News, Webressourcen, Reports, Patente, unternehmensinterne Daten, E-Mails und Forschungsliteratur. Dadurch helfen wir Unternehmen und Einrichtungen bei der nutzbringenden Erschließung und Verwertung von Wissensquellen und der Automatisierung von Informationsprozessen. Zu unseren Kunden und Partnern zählen zahlreiche Unternehmen und Einrichtungen aus der Medizin und den Lebenswissenschaften, z.B. verschiedene Universitätskliniken und Top-Ten-Pharmakonzerne wie Novartis oder Roche.
Averbis bringt langjährige Expertise in der Extraktion medizinischer Fakten aus klinischen Freitexten und der Überführung in eine standardisierte Repräsentation in das Konsortium ein. Ein weiterer Schwerpunkt liegt in der Entwicklung von Tools zur statistischen Auswertbarkeit und zur Analyse der extrahierten Daten. Darüber hinaus bringt sie ihre Erfahrungen im Umgang mit medizinischen Terminologien und Ontologien ein.

Ansprechpartner:
Andrea Grandjean, andrea.grandjean@averbis.com